O programa Blue Azores beneficiou de duas expedições científicas realizadas nos Açores: a primeira em 2016 onde foi feita uma avaliação do estado de saúde dos ecossistemas marinhos do grupo Oriental. A segunda, em 2018, que se focou nos ecossistemas costeiros, de oceano aberto e do mar profundo dos grupos Central e Ocidental.

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Os resultados científicos destas expedições, em conjunto com toda a informação científica desenvolvida nas últimas décadas nos Açores, constituirá uma importante e sólida base de suporte para o processo de definição das novas áreas marinhas protegidas e de gestão sustentável dos recursos da região.