O programa Blue Azores beneficiou de duas expedições científicas realizadas nos Açores, que forneceram uma visão abrangente dos ecossistemas marinhos do arquipélago.

A primeira expedição, realizada em 2016, com apoio do Governo Regional dos Açores e de cientistas locais e organizada pela Fundação Oceano Azul e pelo Instituto Waitt, avaliou o estado de saúde dos ecossistemas do grupo Oriental dos Açores.

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A segunda expedição, em 2018, resultou de uma colaboração entre o Governo Regional dos Açores, a Fundação Oceano Azul, o Instituto Waitt e o programa Pristine Seas da National Geographic. Contou ainda com o apoio científico da Universidade dos Açores, do Instituto Hidrográfico, da Estrutura de Missão para a Extensão da Plataforma Continental e de vários investigadores nacionais e internacionais. Esta expedição centrou-se nos ecossistemas costeiros, de mar aberto e de mar profundo dos grupos Central e Ocidental dos Açores.